Laguna Limón es una reconocida reserva natural, una de las más importantes de agua dulce dentro del Caribe, teniendo una importante variedad de fauna y flora. Lamentablemente, en la actualidad, muchas especies que habitan en ella se encuentran en peligro de extinción. Laguna Limón es un sitio con especies inagotables para los pescadores, además de ser un refugio de aves y una reserva natural de agua dulce que de no tomar medidas urgentes podría llegar a desaparecer. El motivo es que una capa de hierba maligna, conocida como Hydrilla avanza rápidamente no dejando nada vivo a sus pies. Es una peligrosa especie invasora que se expande evitando la navegación de las canoas y la pesca de chinchorros. Todo esto ha cambiado el ecosistema de lugar, y como cuando esto sucede, el desequilibrio afecta a todo el hábitat.
Las aguas cristalinas han desaparecido para dar lugar a esta hierba que ha reducido la pesca del lugar y, con esto, el turismo. Hasta ahora este era un lugar rico en camarones en nesas, cordeles, chinchorros, róbalo, sábalo, tilapia, carpa, mojarra, guabina.
En la zona este lugar era un gran atractivo turístico, lo mismo que la Laguna Redonda. La Laguna Limón es de agua dulce, con una superficie de 5.5 kilómetros cuadrados y la Laguna Redonda es de agua salada y cuenta con una extensión de 7 kilómetros cuadrados con acceso directo al mar por medio del Caño Celedonio.
La amenaza de la Hydrilla es latente, se trata de una especie originada en las regiones de más calidad del sudeste de Asia y se ha introducido en Florida y otras regiones de Estados Unidos a lo largo de las últimas 5 décadas, desde ahí se ha extendido a diferentes zonas, entre ellas Laguna Limón, en donde se ven desde hace 10 años.
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