Muchas de las plantas que fueron introducidas por los hombres llegaron a ser nocivas para el hábitat que existía en la isla, mucho peor fue la incorporación de animales herbívoros. Un caso muy parecido ha sucedido en Australia, cuando se incorporaron otras especias a la fauna.
Cuando estaba terminando el siglo XVIII diferentes barcos balleneros de varias nacionalidades llegaron a la Isla de Guadalupe liberando una gran población de cabras para poder abastecer a la población de una nueva opción de carne destinada a la alimentación. Por las diferentes condiciones de la isla no existía ningún depredador para esta especie, causando que la población de las cabras aumentara a un número preocupante.
Como consecuencia de este tipo de invasión la isla ha ido perdiendo la mitad de las especies herbáceas y al igual que en la vegetación de la isla el bosque no ha escapado del hambre de las cabras. A fines del siglo pasado cubría una superficie de 10 mil hectáreas y en la actualidad no sobrepasa las 393 , lo que significa que en la actualidad existan un 4 % menos de la superficie de bosque original.
Muchas de las especies que vemos en la isla son de tipo endémicas, es decir, que no se encuentran en ningún otro sitio del planeta, por ejemplo el encno, la palma o el ciprés de Guadalupe. La palma se encuentra en muy pequeñas cantidades. El bosque está seriamente amenazado, desde hace más de 50 años no nace ningún nuevo árbol, ya que las cabras no permiten que se pueda desarrollar sin antes devorarlo.
La poca cantidad de árboles obligaron a las diferentes especies de aves a anidar en el suelo, donde se convierten en presas de los gatos que viven en estado salvaje. La depredación de ellos ha causado que cinco especies desaparezcan y otras tantas se encuentren en un grave peligro.
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